Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) là phương pháp tính thuế phổ biến nhất đối với doanh nghiệp, tổ chức kinh doanh tại Việt Nam.
>> Tham khảo: Thuyết minh báo cáo tài chính là gì?
Phương pháp này cho phép doanh nghiệp khấu trừ số thuế GTGT đã nộp khi mua hàng hóa, dịch vụ (đầu vào) khỏi số thuế GTGT thu được từ bán hàng (đầu ra), chỉ nộp phần chênh lệch vào ngân sách nhà nước.
Đến năm 2026, quy định về khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ được cập nhật từ Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (hiệu lực từ 01/7/2025), Nghị định 181/2025/NĐ-CP (hướng dẫn chi tiết Luật Thuế GTGT), Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 (hiệu lực chủ yếu từ 01/7/2026, một số điều từ 01/01/2026), cùng các thông tư sửa đổi như Thông tư 80/2021/TT-BTC (sửa đổi bổ sung bởi Thông tư 40/2025/TT-BTC, 94/2025/TT-BTC) và Nghị định 373/2025/NĐ-CP.
1. Đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT
Theo Điều 11 Luật Thuế GTGT 2024 và Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, phương pháp khấu trừ áp dụng cho:
- Cơ sở kinh doanh (doanh nghiệp, tổ chức) thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo pháp luật về kế toán và hóa đơn.
- Doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, dịch vụ từ 01 tỷ đồng trở lên (trừ hộ, cá nhân kinh doanh).
- Doanh thu được xác định dựa trên tổng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra chịu thuế GTGT” trên tờ khai thuế GTGT tháng/quý từ kỳ trước (tháng 11 năm trước đến tháng 10 năm hiện tại hoặc quý 4 năm trước đến quý 3 năm hiện tại).
Một số trường hợp đặc biệt: Doanh nghiệp mới thành lập có dự kiến doanh thu ≥ 01 tỷ đồng/năm; doanh nghiệp tự nguyện đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ dù doanh thu thấp hơn.
Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh doanh thu cao (trên 3 tỷ đồng/năm theo một số quy định chuyển tiếp 2026) có thể bắt buộc áp dụng phương pháp khấu trừ nếu đủ điều kiện kế toán, hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền kết nối thuế.
>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.
2. Công thức tính thuế GTGT phải nộp
Theo Điều 11 Luật Thuế GTGT 2024:
Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra – Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
Thuế GTGT đầu ra: Tổng số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn GTGT.
Công thức: Thuế GTGT đầu ra = Giá tính thuế (giá chưa bao gồm thuế) × Thuế suất GTGT.
Nếu hóa đơn ghi giá đã bao gồm thuế: Thuế GTGT đầu ra = Giá thanh toán – (Giá thanh toán / (1 + thuế suất %)).
Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ: Tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT, chứng từ nộp thuế nhập khẩu, hoặc chứng từ nộp thuế dịch vụ từ nước ngoài, đáp ứng điều kiện tại Điều 14 Luật Thuế GTGT và Điều 23, 24 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
>> Tham khảo: Thời điểm lập hóa đơn điện tử theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
Nguyên tắc khấu trừ đầu vào (Nghị định 181/2025/NĐ-CP):
- Hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT.
- Có hóa đơn GTGT hợp pháp, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (nếu ≥ 20 triệu đồng, hoặc theo quy định cụ thể).
- Hạch toán riêng thuế đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ.
Nếu không hạch toán riêng: Khấu trừ theo tỷ lệ (Doanh thu chịu thuế GTGT + Doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế) / Tổng doanh thu.
Đối với mua trả chậm/trả góp ≥ 5 triệu đồng: Phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, nếu không phải điều chỉnh giảm khấu trừ.
Thuế đầu vào của tài sản cố định, hàng hóa khuyến mãi, quà tặng: Khấu trừ nếu phục vụ kinh doanh chịu thuế.
>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.
3. Hồ sơ và cách khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ
Hồ sơ khai thuế theo Thông tư 80/2021/TT-BTC (sửa đổi 2025-2026) và Nghị định 373/2025/NĐ-CP:
- Tờ khai thuế GTGT theo mẫu 03/GTGT (phương pháp khấu trừ).
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ bán ra (mẫu 01-1/GTGT).
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào (mẫu 01-2/GTGT).
- Các chứng từ liên quan khác nếu cần (hóa đơn điều chỉnh, thay thế...).
Khai thuế điện tử qua hệ thống của Tổng cục Thuế (etax.gdt.gov.vn hoặc cổng dịch vụ công).
Theo tháng: Áp dụng nếu doanh thu năm trước ≥ 50 tỷ đồng (hoặc tự nguyện). Thời hạn: Chậm nhất ngày 20 tháng tiếp theo.
>> Tham khảo: Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15: Nội dung quy định về hóa đơn điện tử.
Theo quý: Áp dụng nếu doanh thu năm trước < 50 tỷ đồng. Thời hạn: Chậm nhất ngày cuối cùng tháng đầu quý tiếp theo (ví dụ: Quý 1/2026 nộp trước 30/4/2026).
Nếu có số thuế âm (đầu vào > đầu ra): Chuyển khấu trừ kỳ sau hoặc hoàn thuế nếu đủ điều kiện (xuất khẩu, đầu tư dự án mới...).
4. Thời điểm kê khai và nộp thuế
Thời điểm lập hóa đơn: Khi chuyển giao hàng hóa/dịch vụ (hoặc theo quy định đặc thù như hóa đơn tổng hợp cho một số lĩnh vực từ dự thảo 2026).
Kê khai dựa trên dữ liệu hóa đơn điện tử (từ 2026, hệ thống tự động hỗ trợ đối chiếu dữ liệu từ hóa đơn điện tử có mã/không mã/máy tính tiền).
Nộp thuế: Cùng thời hạn nộp tờ khai nếu số phải nộp > 0; nếu âm thì chuyển kỳ sau hoặc xin hoàn.
>> Tham khảo: Phân loại hóa đơn điện tử và nội dung bắt buộc trên hóa đơn.
5. Lưu ý quan trọng năm 2026
Tích hợp hóa đơn điện tử: Toàn bộ dữ liệu hóa đơn phải kết nối với cơ quan thuế, hỗ trợ tự động tính khấu trừ và phát hiện sai sót.
Đối chiếu hóa đơn: Doanh nghiệp cần kiểm tra thường xuyên bảng kê mua vào/bán ra để tránh rủi ro không được khấu trừ (hóa đơn không hợp pháp, không thanh toán đúng quy định).
Hoàn thuế GTGT: Điều kiện chặt chẽ hơn, ưu tiên cho xuất khẩu, dự án đầu tư; bãi bỏ một số điều kiện cũ theo Luật sửa đổi.
Xử phạt: Vi phạm khai sai, chậm nộp phạt từ 10-40 triệu đồng hoặc cao hơn tùy mức độ (Nghị định 310/2025/NĐ-CP).
Hỗ trợ SME: Doanh nghiệp nhỏ có thể dùng phần mềm như Thái Sơn Einvoice để tự động hóa kê khai, giảm lỗi.
>> Tham khảo: Hóa đơn VAT; Biên bản điều chỉnh hóa đơn.
Phương pháp khấu trừ giúp doanh nghiệp giảm gánh nặng thuế thực tế, khuyến khích minh bạch qua hóa đơn điện tử.
Doanh nghiệp cần cập nhật phần mềm kế toán, tuân thủ nghiêm ngặt để tránh rủi ro kiểm tra thuế.
Nếu áp dụng đúng, đây là công cụ hiệu quả tối ưu hóa chi phí thuế trong bối cảnh chuyển đổi số mạnh mẽ năm 2026.
Kết luận
Mọi thắc mắc hay muốn được tư vấn muốn được tư vấn về phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice hoàn toàn miễn phí, Quý doanh nghiệp vui lòng liên hệ:
CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN
- Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
- Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
- Tel : 024.37545222
- Fax: 024.37545223
- Website: https://einvoice.vn/







.jpg)







